Побочные эффекты могут развиваться через время после продольной резекции. Самые распространенные осложнения - рефлюкс с развитием эзофагита (когда пища забрасывается в пищевод из желудка), язва желудка, рвота, железодефицитная анемия, а также безбелковые отеки при дефиците белка.